山东中医药大学药学院始建于1976年，始称中药系，1996年更名为中药学院，2004年更名为药学院。

学院下设中药资源学、中药药剂学、中药炮制学、中药化学等14个教研室。学院拥有山东省泰山学者特聘教授2人，全国中医药高等学校教学名师1人，山东省级教学名师3人，入选国务院特贴专家、山东省有突出贡献中青年专家、山东省专业技术拔尖人才等省部级人才计划15人次。建设的“科技与教育同行，传承与创新并重”的师资队伍，荣获首批全国高校黄大年式教师团队称号。

经40余年的建设与积淀，学院本科及研究生教育人才培养体系逐步完善。设有一级学科中药学博士学位授予点、中药学博士后流动站，一级学科中药学、药学硕士学位授予点，并设有中药学、中草药栽培与鉴定、中药资源与开发、药学、制药工程、药物制剂6个本科专业。其中，中药学和制药工程专业是国家级特色专业和山东省品牌专业，制药工程专业同时是山东省“卓越工程师培养教育计划”建设专业，中草药栽培与鉴定专业是山东省特色专业。中药学、制药工程、中草药栽培与鉴定专业于2012年被批准为“山东省特色名校工程建设重点专业”；全部6个专业2016年入选山东省“高水平应用型重点专业建设群”，2018年入选山东省“教育服务新旧动能转换，专业对接产业重点专业建设群”。中药学、制药工程、中草药栽培与鉴定、药学4个专业2019年入选山东省一流专业建设立项。

学院建有国家综合性新药研发平台（山东）-中药单元技术平台、国家中医药管理局中药炮制技术传承基地、国家中医药管理局山东省中药原料质量监测技术服务中心、国家中医药管理局中药质量控制三级重点实验室、山东省中药材良种选育工程技术研究中心、山东省中药炮制工程技术研究中心、山东省中药药效物质发现与纯化工程实验室、山东省高等学校中医药抗病毒协同创新中心、山东省高等学校中药质量控制与全产业链建设协同创新中心、山东省“十二五”高等学校中药资源学重点实验室、山东省“十二五”高等学校天然药物重点实验室等10余个省级科研平台及重点实验室。

学院依托现有科研技术平台，近五年承担各类课题170余项。获国家科技进步二等奖2项，山东省科技进步一等奖3项、二等奖7项。获授权发明专利30余项，发表研究论文1000余篇，其中SCI收录90余篇。承担教学改革课题50余项，获校级以上教学成果奖30余项。在校生发表SCI论文40余篇，获得“研究生国家奖学金”、省级“科技创新奖”等省级以上奖励者50余人。在全国第四届“互联网+”创新创业大赛中，“金银花新品种培育与种植技术推广”项目获得大赛金奖，这是全国中医药院校自大赛举办以来首次获得金奖。

学院致力于医药产业科学研究和技术服务，先后与山东省分析测试中心、山东省农业科学院、山东省中医药研究院等科研院所，以及沃华、鲁南、步长、齐鲁等医药企业建立了长期稳定的教学科研合作关系，转化“银黄口服液”等十余项科研成果，对推动中药产业结构调整和地方经济发展发挥了重要作用，取得了显著的社会效益、经济效益和生态效益。

学院始终秉承“以管理为手段，以学生为主体，以教学为中心，以科研为突破，不断提高社会影响力和服务力”的工作理念，借力传统专业和重点学科建设优势，紧密结合中药产业发展，狠抓学术团队建设，着力培养传统与现代并蓄的中药学类高级复合人才，已经成为在全国有较高影响力的人才培养、科学研究、成果转化和公共服务基地。