药学院现有中药学、药学两个一级学科，拥有中药学一级学科硕士、博士学位授权点，药学一级学科硕士学位授权点。
中药学学科是山东省“双一流”建设学科，是山东省强化建设重点学科。中药药剂学是国家中医药管理局重点学科，生药学学科是山东省重点学科。
省级
中药学重点学科（强化建设）；山东省立项建设一流学科（2016年）
生药学重点学科
国家中医药管理局
中药药剂学重点学科
1.中药学重点学科
中药学为药学院支柱学科和药物研究龙头，本学科不断加强研究生教育培养规划和开展专业学位教育的规划，不断加强教学师资建设和人才培养。目前，学科总人数达到71名，其中教授18名，副教授28名；具有博士学位的45名，在科学研究方面，围绕中药重大科学问题和共性关键技术，积极申报了国家973、自然基金重大项目或科技支撑项目，在研科研经费达到6186.9万元。
本学科高层次人才培养层次包括博士后流动站1个、博士点1个、硕士点1个（中药学一级学科），能培养博士后、博士、硕士（在职硕士）三个层次的研究生。培养方式除由学科独立培养外，还联合科研院所、企事业单位进行联合培养（专业学位研究生培养）。同时，还接受外单位的委托培养，培养形式丰富多样，满足了社会对各种型人才的需要。
博士后、博士、硕士的招生数量逐年增加，十二五期间硕士研究生招生数达到了526人，博士研究生达到56人，4名硕士研究生获得省级优秀硕士论文，4名博士获得省级优秀博士论文，3名研究生获得山东省优秀研究生创新成果奖，其中4名学生获得了山东省科技进步二等奖。
2. 生药学重点学科
生药学重点学科同时承担了山东省名校建设中药学学科、中草药栽培与鉴定2个省财政资助的重点学科建设，山东省中医药管理局重点学科中药鉴定学学科建设、国家中医药管理局中药资源学重点实验室建设、山东省中药真菌研究重点实验室建设。借助于重点建设使教学科研基础条件和师资队伍得到了不断加强，教学和实验室面积4.5万平方米，实验仪器设备价值 5871万元。成为山东省重要的生药学人才培养和科学研究基地。
目前已聚集国内知名生药学专家，年富力强学术界有影响的中青年学术骨干，形成了一支高素质的教学科研人才队伍，享受国务院特殊津贴专家2人，泰山学者特聘教授1人，博士研究生导师4人，硕士研究生导师6人，承担中药学博士点（生药学，生药质量控制与资源研究方向）、生药学硕士点和药学硕士点（生药学，生药质量控制与资源研究方向）的本科生、研究生教学和科研工作。已获得国家973项目、国家支撑计划、国家自然科学基金、国家重大新药创制项目和山东省攻关项目资助，在同类学科研究中居领先地位。承担了20多项国家与省部级科研项目，发表科技论文100余篇，获得省部级科技奖3项，厅级科技奖6项，标志着该研究方向在同类研究中已具国内领先水平。
在承担生药学、药学教学任务、人才培养的同时，本学科还承担中药学、制药工程学、市场营销学、中草药栽培与鉴定本科专业等多个专业的本专科30余门课程的讲授任务。2011-2015年，本学科共有进站博士后3人；培养博士研究生25人；硕士研究生120人；本科生3400余人；专科生1800余人。为山东省及全国的生药人才培养、成长、选拔创造了良好前提，形成了人才培养特色 。
3. 中药药剂学重点学科
中药药剂学科现有山东省泰山学者特聘教授1人，山东省有突出贡献专家2人，博士研究生导师6人，硕士生导师22名，高级职称专家22人，其中具有博士学位者20名，具有硕士学位者5名，本学科45岁以下人员均具有博士学位。
以本学科为主参与的山东中医药大学牵头，联合山东省医学科学院、山东省疾病预防控制中心、泰州市病毒研究所、解放军第三〇二医院以及包括山东省宏济堂制药有限公司等多家大型制药企业参与的中药抗病毒协同创新中心的建立，中心将在温病理论研究与抗病毒处方发现、抗病毒中药药效物质提取纯化、抗病毒中药制剂工艺与质量控制、高通量筛选技术、中药抗病毒药效机制等方面进行全面的协作公关。开发第一个中药口服液－银黄口服液、第一个中药泡腾颗粒剂－阿胶泡腾颗粒、第一个中药生物粘附片剂－冰硼贴片、第一个中药凝胶贴剂－风湿镇痛凝胶为代表的中药新药开发研究，近年来已相继研制12个中药新药分别获得了临床试验批件或新药证书，部分已与企业签署技术转让、技术合作协议，转让金额达1250余万元。
经过30年余的努力，在科学研究领域取得了较大的成绩，获国家科技进步二等奖2项、山东省科技进步一等奖1项、山东省科技进步二等奖2项及其它省级科技进步奖多项，逐渐形成了三个明确而稳定的研究方向，分别是：中药药效物质提取纯化技术研究、中药新剂型新技术研究和中药新药开发及中药炮制原理研究。三个研究方向均承担多项国家级、省部级课题，并取得了重要研究成果。 在国家“重大新药创制”科技重大专项中药创新药物研究单元技术平台研究的基础上建立了10万首方剂的中药方剂数据库，中药材样本库（2066个标本）、中药有效部位、组分、成分的成分库（206种） 以海洋来源的中药为组方的中药制剂学的整理，参与编写《中华海洋本草》。
在长期的学科发展中，本学科与许多国内外科研机构建立了长期稳定的合作关系，与香港中文大学、韩国马山大学、日本德岛文理大学、以色列西伯莱大学、埃及开罗大学、爱尔兰国立高威大学建立了合作事宜；与省外南京中医药大学、北京中医药大学、上海中医药大学、湖南中医药大学、浙江中医药大学、江西中医药大学和省内山东省中医药研究院、山东省医学科学院、山东省药学科学院建立了长期稳定的学术合作关系。
