药学院围绕中药学学科，建有完备的科研平台。是国家综合性新药研发平台（山东）-中药创新药物研究单元平台、重大新药创制孵化基地建设单位，国家科技成果重点推广项目技术依托单位，国家中药现代化、产业化规范种植项目承担单位。
药学院承建的科研创新平台
1. 山东省中药药效物质发现与纯化工程实验室
山东省中药药效物质发现与纯化工程实验室于2011年9月由山东省发展和改革委员会批准立项成立。该实验室依托山东中医药大学，通过整合资源，完善实验室设施，开展中药药效物质提取、纯化产业化关键技术、中药药效物质发现与筛选技术、中药标准品和对照品生产技术研究，重点建设以药效为导向、以规模制备色谱、膜分离技术为核心的、多种现代分离提取技术集成的、高纯度中药药效规模化提取纯化关键技术，建立系统的中药药效物质发现与纯化技术体系；并进行相关的技术开发、技术服务、技术转让、技术咨询及学术交流与专业人才培养等活动。
2. 山东省高校中医药抗病毒协同创新中心
山东省高校中医药抗病毒协同创新中心（简称“中心”）于2013年9月由山东省教育厅、科技厅、财政厅批准建设。该中心由山东中医药大学牵头，协同山东省医学科学院、泰州市病毒研究所、山东省疾病预防控制中心、解放军第三〇二医院全军中医药研究所、山东宏济堂制药集团有限公司、中国中医科学院中药研究所、齐鲁医药学院、山东农业大学、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、济南康众医药科技开发有限公司、山东罗欣药业股份有限公司、山东沃华医药科技股份有限公司、山东东阿阿胶股份有限公司、山东农业工程学院等17家实力雄厚、基础扎实的高等学校、科研院所及企业共同建设。中心瞄准抗病毒中药创制重大需求和中医药抗病毒领域科学前沿，以重大新药创制科技重大专项为牵引，通过组织管理、资源配置、人才培养、团队建设等方面的改革与创新，探索全面提升人才、学科、科研三位一体创新能力的有效途径与运作模式，建设全国中医药抗病毒领域有较高影响力的中药新药创制平台、成果转化平台、公共服务平台和人才培养基地。通过5年的建设，涌现了一批中医药抗病毒交叉领域的学术和研发带头人，建设了“温病理论研究与抗病毒中药处方发现”、“抗病毒中药药学研究”、“抗病毒中药药效评价与作用机制研究”、“抗病毒新药中试与孵化”等4个技术平台，形成了具有中医药抗病毒创新药物研发与相关技术集成优势的产学研一体化的协同创新体系。
3. 中药质量控制与全产业链建设协同创新中心
围绕“中药材资源保护与利用—中药新药与大健康产品研制-全方位质量控制—中药产品销售模式”产业链，加快产品开发，推进项目建设，扩大中药生产规模,构建上游集聚化种植､中游现代化制造､下游创新性利用的现代中药产业体系｡针对中药全产业链建设中，资源分散、缺乏集成、产业链整合度低、科研成果转化率低、药材品质下降等突出问题，以需求为导向，以人才为核心，以机制创新为驱动，充分调动产、学、研单位积极性，面向中药产业链建设的各个环节，汇集各参建单位的人才、设备和资金优势，引进和培养领军人才和高水平的人才队伍，构建学科交叉、优势互补的科研团队，开展科研创新和技术突破，实现山东省中药产业全面协调发展，实现中药大健康产业提质增效，向多元化、高端化、国际化发展；形成一批知名中药大健康品牌产品和品牌企业，使中药产业成为我省战略性新兴产业的重要力量，为山东省经济和社会发展发挥重要贡献。通过系列建设，将协同创新中心发展成为国内一流的中药质量控制与全产业链建设研究基地，形成示范性的区域创新发展综合体，坚持可持续发展、坚持质量优先、坚持产业化带动，推动知识创新、技术创新、区域创新的战略融合，为山东区域经济及社会发展提供新动力。
4. 山东省中药创新药物研究单元技术平台
山东省中药创新药物研究单元技术平台是“国家综合性新药研究开发技术大平台-（山东）”（简称“平台”）的重要组成部分，由国家“重大新药创制”科技重大专项计划支持，由山东中医药大学与山东省中医药研究院共同建设。平台的建设旨在中医药理论指导下，以防治心脑血管疾病、糖尿病及并发症、病毒性疾病、恶性肿瘤等重大疾病的中药组合药物创制和产业化为导向，通过优势资源与技术的优化配置、整合集成与自主创新，建成条件配套完整、功能齐全完备、技术手段先进、衔接紧密连贯的贯穿中药创新药物发现和产业化过程的技术平台，构架与国际规范接轨的、特色优势显著且产业链紧密联系完整的中药创新药物研发平台。平台包括2个数据（样品）库（文献方剂数据库、中药成分(组分)样品库）、7个单元技术子平台（有效方剂临床发现、饮片炮制、提取分离纯化、质量控制与评价、中药药理发现与评价研究、中药新制剂研究、中药临床评价技术）。
5. 中药炮制传承基地
基地以“传承和发展”为主题，按照中医药自身发展规律，加强中药传统炮制技术和文化的传承，抢救一批具有山东特色的炮制方法和技艺，聚集和培养一批炮制人才，保持一些富有山东特色的传统炮制品种、方法和技术，建立山东省中药饮片临床应用信息库，致力于提高中医医疗机构中药临方炮制能力，提升并保障中医药服务能力。
通过整理国医大师和名老中医药专家用炮制品经验，及收集和整理山东省特色炮制技术，加强技术传承。举办面向山东省中药炮制从业者和临床医生的中药炮制技术传承培训班，普及中药炮制知识，加强文化传承；加强学科青年骨干教师培养和举办面向全校的中药传统炮制技能大赛，发挥学校育人功能，加强人才传承。完成了山东省临方炮制饮片的应用范围和前景调研以及山东省中药饮片临床应用信息的采集和整理工作，制作了山东省中药炮制技术信息库。发挥基地服务功能，研究建立临床常用饮片的炮制规范、质量标准和临床应用规范，强化与企业、医疗机构、大中专院校的技术交流，建立新型的炮制科研技术平台，加强开发利用。集成建设了集技术、文化、人才培养、开发应用和社会服务于一体的，在国内具有较大影响力的中药炮制技术传承示范基地。
6. 中药质量分析实验室
中药质量分析实验室由国家中医药管理局批准立项建设，并于2003年通过验收的中医药科研（三级）实验室。实验室依托山东中医药大学建设，形成了中药质量控制与资源开发、中药新药、新剂型开发与中药炮制原理研究、中药及复方活性成分研究三个优势突出、特色鲜明的研究方向，在实验室建设、技术水平、教学水平、科研能力、人才队伍建设方面均达到国内同类实验室领先水平。
7. 山东省中药炮制工程技术研究中心
该中心于2006年4月由山东省科技厅批准成立。中心通过优势资源与技术的优化配置、整合集成与自主创新，建成条件配套完整、功能齐全完备、技术手段先进、衔接紧密的贯穿中药炮制现代化研究和产业化开发的技术平台，在明确解析中药炮制原理研究的基础上，促进中药饮片炮制工艺产业化及中药饮片质量控制系统化，加快中药饮片及复方药效物质发现与评价。形成了稳定和特色鲜明的中药炮制原理研究、中药饮片炮制工艺与质量控制技术研究、中药饮片及复方药效物质发现与评价研究等研发方向。
创新性地提出了“从主成分转化与吸收代谢和药效/毒性关联角度探讨中药炮制原理”新理念，针对炮制行业存在的问题，规范了20余种临床常用中药的炮制工艺，制定了炮制新工艺，同时建立了上述中药具有生、制品个性化特色的质量评价体系。中心积极利用自身的学科及资源优势，扎实地做好各方面的建设工作，逐步扩大了在省内乃至全国的影响力，为推进山东省中药饮片炮制现代化进程做出了突出贡献。
8. 山东省中药材良种选育工程技术研究中心
中心以全面控制中药材生产过程、建立中药材质量评价与控制技术体系为目标，建立适应中心发展的管理和运行体制，凝聚和培养高层次科技创新和管理人才，造就一支结构合理、水平高的技术创新队伍。通过技术服务、成果转化辐射带动相关企业，实现了一大批科研成果工程化研究开发，确保工程中心朝着更高一级的目标稳步协调发展。
中心下设办公室、种质与良种繁育研究室、规范化生产研究室、生物技术研究室、质量标准研究室、技术培训与推广部等8个部门。拥有开展中药材组织培养、遗传育种、规范化生产、质量控制、分子生物学等方面研究的仪器设备总值1920余万元，并拥有药用植物种苗繁育、品种选育基地6000平方米（其中研究温室面积1500平方米），中药材种质保存与种植试验基地15000平方米。
中心加强合作交流与对外开放，实现优势互补与资源共享，为企业提供技术咨询与人员培训；调整和新建实验室及研究开发基本用房，配套完善相关设施，提高大型仪器设备配置水平；承担重大科技研发任务，取得对行业技术进步有重要推动作用的科技成果，形成预期的研究开发和工程化能力。
9. 山东省高校中药资源学重点实验室
山东省中药原料质量监测技术服务中心
山东省高校中药资源学重点实验室、山东省中药原料质量监测技术服务中心以中药学和生药学重点学科建设、山东省中药资源学泰山学者岗位建设为依托，紧紧围绕中药资源利用预警研究、中药种质资源收集与良种选育研究、中药材规范化生产技术研究与基地建设、中药活性成分研究与综合开发利用四个稳定的研究方向，搭建了药用动植物分类与解剖实验室、药用植物生理生化实验室、生物工程实验室、中药资源与开发实验室四个研究平台。建立完善了具有国内先进水平的中药材种质资源评价及保护利用的技术和手段，取得了一批国内领先、国际先进的研究成果。
山东省高校中药资源学重点实验室---山东省“十二五”强化建设重点实验室
10. 天然药物实验室
山东省高校天然药物重点实验室是山东省“八五”期间最早一批建立的省级高校重点实验室之一。经过多年的研究积累，形成四个明确、稳定、具有特色和优势的研究方向：中药资源与质量控制研究，中药新剂型、新技术与中药饮片规范化研究，中药及天然药物活性成分研究，中药复方药效物质基础及作用机理研究，成为我省中药现代化科研与人才培养的重要基地。
11. 药用真菌资源与开发实验室
实验室采用传统与分子生物技术相结合的鉴别技术，开发新的真菌资源，进行固态或液态发酵技术、菌丝（或菌质）化学成分与质量标准、酶工程的应用、微生物药物与生物转化等研究。形成了“药用真菌种质资源与育种”、“药用真菌生物工程、活性物质分离纯化及功效（药性）评价”、“真菌多糖抗病毒与抗病毒佐剂研究”、“生物转化与发酵中药药物研发”等四个特色鲜明的研究方向，实验设施完备、功能齐全，在国内具有一定的学术影响力。
